حادثه‌اى در حدود سال 1238 قمری اتفاق افتاد که عظمت و اعتبار صدوق(ره) نزد زائران حرمش بیشتر معلوم شد و ارادت آنان نسبت به وى دو چندان گشت که شرح آن واقعه مطابق نقل علامه خوانساری در کتاب روضات الجنات بدین گونه است؛
«از کرامات صدوق که در این اواخر به وقوع پیوست و عدّه کثیری از اهالی شهر، آن را مشاهده کرده‌اند، آن است که در عهد فتحعلی شاه قاجار در حدود 1238 هجری مرقد شریف صدوق که در اراضی ری قرار دارد از کثرت باران خراب شد و رخنه‌ای در آن پدید آمد.
به جهت تعمیر و اصلاح آن اطرافش را می‌کندند پس به سردابی که مدفنش بود برخوردند، هنگامی که وارد سرداب شدند، با جسدی عریان و مستورالعوره مواجه شدند که در انگشتانش اثر خضاب و در کنارش تارهای پوسیده کفن به شکل فتیله‌ها بر روی خاک قرار گرفته است.
این خبر به سرعت در تهران منتشر شد و به گوش سلطان وقت رسید، وی با جمعی از بزرگان و امنای دولت به جهت مشاهده حضوری به محل آمدند. جمعی از علما و اعیان دولت داخل سرداب شدند و صدق قضیه را به رأی العین مشاهده کردند. پس از آن وی دستور تعمیر و تجدید بنا و تزئینات آن بقعه را صادر کرد.»
صاحب روضات که در آن زمان 12ساله بوده می‌نویسد: «من خودم بعضی از افراد را که در آن واقعه حضور داشتند، ملاقات نموده‌ام.»
علامه مامقانی، صاحب تنقیح المقال، همین قضیه را نقل نموده و اضافه می‌‌کند:
چهل سال پیش سند صحیح از سید ابراهیم لواسانی (متوفای 1309ه ق) که از علمای بزرگ تهران بود برای من نقل شد که وی به چشم خود جسد مطهر را به همان حال که ذکر شد، مشاهده کرده است.
یکی دیگر از شاهدان قضیه، حکیم وارسته آقا علی مدرّس زنوزی، متوفای 1307 هجری قمری، است.
علامه مدرس زنوزی، فیلسوف و اهل منطق و استدلال است و چنانکه می‌دانیم چنین افرادی نوعاً تحت تأثیر شایعات و توهمات قرار نمی‌گیرند و هر شنیده‌ای را به سادگی باور نمی‌کنند بلکه برای اثبات هر قضیه‌ای دنبال دلیل و مدرک علمی و قطعی می‌گردند، وی خود یکی از شاهدان و ناقلان این کرامت است.
